La Comisión Nacional de los Derechos Humanos defendió su actuación en el caso Ayotzinapa al asegurar que ninguna de sus recomendaciones puede absolver, condenar o detener un proceso penal. En respuesta a las críticas por la Recomendación 208VG/2026, el organismo afirmó que corresponde al Ministerio Público y a los tribunales determinar la responsabilidad de los militares investigados. La Comisión señaló que el documento no pretende cerrar las líneas de investigación vinculadas con integrantes de la Secretaría de la Defensa Nacional ni sustituir los procesos actualmente abiertos. Sin embargo, indicó que no encontró pruebas para atribuir al Ejército, como institución, una intervención directa en los ataques y desapariciones ocurridos en Iguala en septiembre de 2014. La CNDH diferenció entre una posible responsabilidad institucional y las conductas individuales de elementos castrenses que actualmente enfrentan investigaciones o procesos judiciales. También rechazó haber omitido las acusaciones contra militares y aseguró que su recomendación incluye información sobre 20 integrantes de la Defensa sujetos a procesos relacionados con el caso. El organismo acusó a comentaristas, organizaciones y actores políticos de emprender una campaña para desacreditarlo mediante afirmaciones que calificó como falsas y malintencionadas. Las familias de los normalistas y organizaciones de derechos humanos han expresado una posición distinta, al considerar que el documento favorece una interpretación que reduce el papel de las Fuerzas Armadas. Expertos que participaron en investigaciones anteriores también han criticado que la CNDH cuestione los informes del GIEI y de la Comisión para la Verdad y Acceso a la Justicia. Mientras continúa la controversia pública, las investigaciones ministeriales y los procesos penales por la desaparición de los 43 estudiantes permanecen abiertos.
